John Williams naquit le 29 juin 1796 à Tottenham, près de Londres, fils de parents gallois. À quatorze ans, il devint apprenti dans une quincaillerie. Le 30 janvier 1814, un sermon du prédicateur Timothy East à l’église Tabernacle, à Moorfields, le toucha profondément, et il se convertit. Peu après, il se mit à fréquenter cette même église, sous le pastorat de Matthew Wilks.
À vingt ans, Williams ressentait déjà l’appel pour les missions. Il fut ordonné à la Surrey Chapel le 3 septembre 1816 et, près de deux mois plus tard, le 29 octobre, épousa Mary Chawner. Le 17 novembre de la même année, le couple s’embarqua pour le Pacifique Sud au service de la Société Missionnaire de Londres, la LMS.
Il arriva aux Îles de la Société en 1817 et établit sa première base à Raiatea. Il y développa la méthode qui marquerait son ministère : former des Tahitiens et des Raiatéens convertis et les envoyer comme maîtres pour ouvrir des îles encore non atteintes, avant même que le missionnaire lui-même n’y arrive. C’est ainsi qu’en 1821, il envoya des maîtres raiatéens à Aitutaki.
En 1827, désireux de visiter des îles hors de portée des navires disponibles, il construisit de ses propres mains, en quinze semaines seulement, le Messenger of Peace, avec du bois local. Son énergie et son goût pour l’exploration inquiétaient parfois les directeurs de la LMS, qui allèrent jusqu’à refuser de financer ses projets de bateau, estimant qu’un missionnaire ne devait pas s’engager dans ce type d’entreprise.
Il aperçut Rarotonga en 1823, y laissant le maître indigène Papeiha, et y retourna en 1827 pour établir la mission de façon permanente. En 1830, il fut le premier à apporter l’Évangile à Samoa, où le chef Malietoa Vaiinuupo embrassa la foi chrétienne. Entre 1834 et 1837, il séjourna en Angleterre, supervisa l’impression du Nouveau Testament en rarotongien et publia le livre Récit d’entreprises missionnaires dans les mers du Sud.
En 1839, à quarante-trois ans, Williams insista pour ouvrir un nouveau champ missionnaire dans les Nouvelles-Hébrides, aujourd’hui Vanuatu. Il débarqua à Erromango sans savoir que des trafiquants européens de bois de santal avaient maltraité et tué des habitants de l’île peu de temps auparavant, laissant la population dans un profond état de méfiance et de rancœur.
Le 20 novembre 1839, Williams et le missionnaire James Harris marchèrent sur la plage et, sans s’en rendre compte, franchirent une marque rituelle qui signalait la limite que les étrangers ne devaient pas dépasser. Des guerriers de l’île les poursuivirent jusqu’à la plage, où ils les tuèrent à coups de massue ; les corps furent ensuite rituellement dévorés, selon les récits historiques. La nouvelle de son martyre émut les églises d’Angleterre et d’Australie et suscita une nouvelle génération de volontaires pour les missions dans le Pacifique.
La méthode de formation de maîtres indigènes que Williams développa inspire encore des églises qui envoient leurs propres membres comme missionnaires auprès des peuples voisins. En 2009, des descendants de Williams et du peuple d’Erromango se sont retrouvés dans un geste de réconciliation, signe que l’Évangile pour lequel il est mort continue de réconcilier des peuples jusqu’à aujourd’hui.