De son nom complet Nato Saint (dit Nate Saint), il effectue son premier vol à sept ans avec son frère aîné, Sam, futur pilote commercial. Né en 1923 près de Hershey, en Pennsylvanie, il grandit dans une famille de nombreux frères et sœurs et découvre tôt la passion qui définirait toute sa vie : piloter.
Il s’engage dans l’armée des États-Unis à dix-neuf ans, dans l’espoir de voler pendant la Seconde Guerre mondiale. Une infection récurrente à la jambe, séquelle d’une blessure d’enfance, se manifeste de nouveau vers la fin de son entraînement de cadet et l’écarte des cockpits militaires avant qu’il n’achève sa formation de pilote de combat.
En 1947, il étudie environ un an au Wheaton College, où il rencontre Marjorie Farris, qu’il épouse le 14 février 1948. La même année, le couple part pour l’Équateur, envoyé par la Mission Aviation Fellowship (MAF), pour ouvrir une base d’appui aérien à Shell Mera.
Pendant huit ans, Nate vole en apportant médicaments, provisions et nouvelles à des missionnaires et des communautés isolées dans la forêt amazonienne équatorienne, où les routes étaient presque inexistantes. Il perfectionne une technique bien à lui : lâcher un seau attaché à une ligne tout en survolant en cercle serré, ce qui maintenait l’objet presque immobile dans les airs.
En septembre 1955, il forme une équipe avec Jim Elliot, Ed McCully, Pete Fleming et Roger Youderian pour tenter un contact avec le peuple waodani, alors appelé par ses voisins « auca », connu pour son histoire de violence envers les étrangers. En octobre, il utilise pour la première fois le seau pour livrer des cadeaux par voie aérienne ; au total, treize livraisons préparèrent le terrain.
La décision de rechercher un contact direct fut prise dans la précipitation et dans un secret partiel vis-à-vis de l’organisation missionnaire elle-même, qui n’autorisa jamais formellement l’opération, et des décennies plus tard des historiens de la mission débattraient de savoir si cela avait sous-estimé le risque pour les cinq hommes et pour le peuple waodani lui-même.
Le 3 janvier 1956, le groupe campa sur une plage au bord de la rivière Curaray. Cinq jours plus tard, le 8 janvier, Nate Saint et ses quatre compagnons furent tués à la lance par des guerriers waodani, un épisode que le magazine Life ferait connaître au monde entier.
La sœur de Nate, Rachel Saint, et la veuve de Jim Elliot, Elisabeth Elliot, restèrent parmi les Waodani les années suivantes. Plusieurs guerriers, dont certains ayant participé à l’embuscade, se convertirent au christianisme, et des décennies plus tard le fils de Nate, Steve, retourna vivre parmi eux.